W publikacji Instytutu prokurator Witkowski ujawnia, że zetknął sie z dokumentami dotyczącymi funkcjonowania Urzędu do spraw Wyznań, którym w pierwszej połowie lat 80-tych kierował profesor Adam Łopatka. Znalazł tam adnotację autorstwa ówczesnego szefa PZPR generała Jaruzelskiego o treści "Profesor Adam Łopatka. Proszę wzmóc działania wobec księdza Popiełuszki". Adnotacja była bez daty, ale znajdowała się w dokumentach z sierpnia 1984 roku.
Prokurator Andrzej Witkowski powiedział Informacyjnej Agencji Radiowej, że na początku lat 90-tych sąd zajmował się już tymi dokumentami, jednak zostały one włączone do wszczętego ostatnio postępowania, prowadzonego przez Instytut Pamięci Narodowej w Lublinie. Przypomniał, że śledztwo dotyczy funkcjonowania w latach 80-tych w resorcie spraw wewnętrznych związku przestępczego. Obejmuje ono około stu przypadków zabójstw i zgonów działaczy ówczesnej opozycji, w tym księży.
