Sprawa finansowania Instytutu wywołała w Polsce wiele kontrowersji. Zaprotestowali dystrybutorzy filmowi, nadawcy telewizyjni, operatorzy kablówek i platform cyfrowych, gdyż muszą oni odprowadzać specjalny podatek na rzecz Instytutu. Ich zdaniem, zakłóca to wolną konkurencję na rynku filmowym.
Komisja Europejska, która zajęła się sprawą, rozwiała wszelkie obawy. Uznała, że pomoc publiczna w tej formie, wspierająca kulturę, nie łamie unijnej zasady konkurencji. Pomoc finansowa państwa jest w Unii zabroniona, choć możliwe są wyjątki. Za każdym razem jednak zgodę w tej sprawie wydaje Komisja Europejska.