Zdaniem przewodniczącej Kolegium IPN ustawa ma wiele wad - między innymi upolitycznia stanowisko prezesa Instytutu. Prezesa będzie wybierała sejmowa większość zwyczajna, a nie jak do tej pory - większość 3/5. Ponadto wiele będzie zależało od Rady Naukowej - tym samym prezes będzie zależny i od rady i od zwykłej większości w Sejmie.
Doktor Fedyszak - Radziejowska wyjaśnia, że wiele wątpliwości budzą również zapisy dotyczące Rady Naukowej, która ma powstać w miejsce Kolegium IPN. Taka Rada - podkreśla przewodnicząca Kolegium - będzie rozdzielać środki na badania naukowe niekoniecznie historykom Instytutu. I może okazać się za 2-3 lata, że kadra profesjonalnych historyków Instytutu, zajmujących się historią najnowszą nie będzie prowadzić badań.
Zdaniem Barbary Fedyszak-Radziejowskiej kuriozalna jest też możliwość formułowania rekomendacji w stosunku do pracy sądu lustracyjnego i prokuratorów.
Przewodnicząca Kolegium IPN ma wątpliwości również w kwestii poszerzenia dostępu do akt przechowywanych w archiwach IPNu o byłych pracowników i tajnych współpracowników Służby Bezpieczeństwa. Może to spowodować, że takie osoby zanim zdecydują się na ubieganie się o publiczne stanowisko, będą mogły sprawdzić, jakie akta dotyczące ich osoby znajdują się w archiwach. Ponadto, przypomina przewodnicząca kolegium IPN, zdarzały się przypadki niszczenia oryginałów akt.
O skierowanie ustawy do Trybunału Konstytucyjnego apelowali współpracownicy zmarłego tragicznie Lecha Kaczyńskiego, którzy przekonywali, że prezydent był gotów ustawę tam odesłać. Apelowali, by pełniący obowiązki prezydenta Bronisław Komorowski uszanował jego wolę.
Marszałek powiedział, że nie znalazł żadnego powodu, by skierować ustawę do Trybunału. Bronisław Komorowski dodał, że nie zna też żadnego stanowiska zmarłego prezydenta w sprawie ustawy. Marszałek nie wykluczył też, że będzie konieczna nowelizacja podpisanej przez niego ustawy, gdyż nie reguluje ona kwestii związanych z nagłym opróżnieniem stanowiska prezesa IPN-u, na przykład w wypadku śmierci.