Jak zapowiadał IPN, ekshumacja szczątków Stanisława Pyjasa objęta jest tajemnicą ze względu na dobro rodziny i dobro postępowania. Prokuratorzy liczą, że badanie szczątków Stanisława Pyjasa pozwoli na postawienie zarzutów konkretnym osobom.
Ciało Pyjasa znaleziono 7 maja 1977 roku w bramie kamienicy przy ulicy Szewskiej w Krakowie. Prokuratura umorzyła wówczas śledztwo, twierdząc, że Pyjas sam spadł ze schodów. Dla przyjaciół i znajomych zaangażowanego w działalność opozycyjną studenta, taka wersja okoliczności jego śmierci była niewiarygodna, bo wiedzieli, że interesowała się nim bezpieka.
Śledztwo wznowiono w 1991 roku. Ustalono wtedy, że Pyjas został śmiertelnie pobity. Sprawę kilkakrotnie podejmowano i umarzano z powodu niemożności wykrycia sprawców. Obecnie śmierć Pyjasa bada krakowski IPN. Jest to już piąte śledztwo ws. śmierci Pyjasa. Krakowski IPN przejął je formalnie 21 maja 2008 roku w związku z pojawieniem się nowych dokumentów.
Do tej pory zarzuty utrudniania śledztwa z lat 70. przedstawiono sześciu osobom. Według prokuratury, w wyniku ich działalności zaprzepaszczono szanse na ustalenie okoliczności śmierci Pyjasa. Trzech z oskarżonych zmarło w toku postępowania, dwóch zostało prawomocnie skazanych, zaś proces przeciw b. wiceministrowi SW gen. Bogusławowi Stachurze, z powodu złego stanu zdrowia oskarżonego został zawieszony, a po jego śmierci umorzony