*Korzystający z dotacji w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki mają często problem z rozliczaniem podatku VAT od zakupów. *
Ogólna zasada przy takich rozliczeniach wydaje się być prosta: jeżeli VAT od zakupu możemy odliczyć od podatku należnego (od sprzedaży) - dotacja go nie dotyczy.
Jeśli natomiast nie jesteśmy podatnikiem VAT i nie mamy możliwości jego odliczenia - albo też gdy odliczenie jest niemożliwe z innych przyczyn (np. zakup służy sprzedaży zwolnionej) - dotację możemy wykorzystać na cenę brutto towaru.
W takim przypadku w rozliczeniu dotacji podajemy cenę z VAT-em.
Więcej problemów pojawia się w sytuacji, gdy podatnik rozlicza VAT na zasadzie proporcji - czyli wtedy, gdy zakup służy w części do sprzedaży opodatkowanej, a w części do zwolnionej.
Korekta podatku VAT (proporcja) jest sporządzana przez Beneficjenta po zakończeniu roku podatkowego w którym Beneficjent rozliczał się na tych zasadach. Winien on bowiem proporcje skorygować obliczając proporcje dla roku zakończonego uwzględniając dane z tego roku (art. 91 ustawy). Może mieć to wpływ na wysokość kwalifikowalności podatku VAT. Beneficjent w takim przypadku będzie zobowiązany do zwrotu nadmiernie pobranej kwoty refundacji.