Nowe zasady rozliczania kosztów są jednak niespójne z terminami ustawy o rachunkowości. Dlatego wielu przedsiębiorców może mieć problemy z prawidłowym dokonaniem tych rozliczeń.
Podstawową różnicą pomiędzy tymi dwoma ustawami jest sformułowanie dotyczące związku kosztów z przychodami danego roku obrotowego.
Istnieje wiele kategorii kosztów, które trudno jednoznacznie zakwalifikować do jednej z dwóch grup kosztów, czyli kosztów bezpośrednio związanych z przychodami bądź kosztów innych niż bezpośrednio związane z przychodami. Można wskazać przykładowo, iż takie wątpliwości wywołują: koszty opłaty wstępnej z tytułu leasingu maszyn, koszty ochrony mienia, koszty wynagrodzeń (z różnych tytułów), koszty prenumeraty czasopism itd. W praktyce takie wątpliwości będzie budziła zapewne znacznie szersza grupa kosztów.