Nadal nie ma pewności, jak przebiegać będzie część trasy S16, która zaczyna się w Grudziądzu, a kończy na litewskiej granicy. Droga ekspresowa S16 ma połączyć drogę S19 w Białymstoku z S61 w Ełku i dalej z drogą S51 w Olsztynie. W ten sposób trasa ma spiąć dwa międzynarodowe korytarze transportowe - via Baltica i via Carpatia.
Do tej pory zmodernizowana jest na odcinku od Olsztyna do Borek Wielkich jako jednojezdniowa i dwupasmowa, częściowo jako dwujezdniowa i czteropasmowa. Od kilkunastu miesięcy planowana jest budowa odcinka z Mrągowa przez Orzysz do Ełku (ok. 80 km), przecinającego Krainę Wielkich Jezior, który ma biec skrajem Mazurskiego Parku Krajobrazowego, przez Obszary Natura 2000, obszary chronionego krajobrazu, rezerwaty i najcenniejsze tereny turystycznie.
Protestują przeciwko temu ekolodzy i lokalne samorządy. Te drugie boją się, że budowa drogi może zniszczyć to, co na Mazurach najpiękniejsze, czyli przyrodę i krajobraz. Podnoszą ponadto, że przebiegająca przez Mazury trasa to typowa przelotówka, która wcale nie odpowiada na potrzeby mieszkańców.
"Dla mieszkańców Mazur będzie trudno dostępna – wyłącznie przez węzły – a więc nieprzydatna. Nie o taką drogę zabiegają lokalne samorządy. S16 to cios w ekonomię Mazur. To pozbawienie środków do życia mieszkańców wielu miejscowości położonych w jej sąsiedztwie. Ekspresówka nie przyciągnie nowych turystów, tylko ich odstraszy" – czytamy na stronie RatujmyMazury.pl.
W związku z krytyką budowy trasy przez Krainę Wielkich Jezior, GDDKiA bierze pod rozwagę także inne warianty. Nie zrezygnowała jednak całkowicie z wariantu pociągnięcia nitki przez cenne przyrodniczo tereny.
Posłanka Urszula Pasławska skierowała do ministra infrastruktury pytanie o postęp prac nad budzącym kontrowersje odcinkiem S16. Z odpowiedzi wynika, że tzw. wariant C nadal jest rozważany.
"Zostało przeanalizowanych ponad 40 wariantów możliwego przebiegu drogi ekspresowej S16, w tym kilkanaście wariantów wskazywanych przez społeczeństwo. Przeanalizowano również rozwiązania zgłoszone w petycjach, w tym wariant budowy drogi ekspresowej na południu regionu pomiędzy Nidzicą a Szczuczynem o długości ok. 150 km. Przeprowadzone analizy oraz zebrana wiedza umożliwiły zawężenie liczby wariantów do trzech obecnie analizowanych" – czytamy w odpowiedzi na interpelację.
Pierwszy i drugi wariant zakładają poprowadzenie trasy w korytarzu zbliżonym do istniejącej i wymagającej remontu drogi krajowej nr 16. W obu jest planowana budowa mostu przez południową część jeziora Tałty tuż koło Mikołajek.
Przeciwnicy budowy drogi przez Krainę Wielkich Jezior zachęcają do podpisywania petycji. Z powyższego pisma wynika, że nic nie zostało jeszcze przesądzone.