Kwestią sporną pozostają kompetencje Narodowego Banku Polskiego do wydawania certyfikatów potwierdzających autentyczność podpisu. Inny pomysł to, żeby nadzór nad procesem certyfikacyjnym sprawowało Ministerstwo Gospodarki.
Główną ideą ustawy jest to, żeby podpis elektroniczny był tak samo ważny, jak złożony ręcznie, wywoływał takie same skutki prawne, i jednoznacznie określał tożsamość osoby składającej podpis.
Każdy podpis elektroniczny składać się będzie z dwóch części: publicznej i prywatnej, znanej tylko właścicielowi. Dopiero zestawienie tych dwóch części podpisu stanowić będzie o jego ważności. Podpisem elektronicznym będą mogły się posługiwać zarówno osoby fizyczne, jak i prawne.