Zespół redaktorów tygodnika "Więź" po zbadaniu materiałów IPN stwierdził, że ksiądz Michał Czajkowski był tajnym współpracownikiem SB o pseudonimie Jankowski. Sam Czajkowski przyznaje, że jego wina jest bezsporna.
"W latach 1960-1984 ks. Michał Czajkowski był faktycznie tajnym współpracownikiem Służby Bezpieczeństwa o pseudonimie Jankowski. Od tego zarzutu wolny jest jedynie czas jego studiów w Jordanii i Jerozolimie w latach 1964-66, z którego to okresu nie ma żadnych dokumentów dostępnych w archiwach" - podkreślono w raporcie "Więzi".
"Współpraca ta została przez ks. Czajkowskiego gwałtownie zerwana 28 października 1984, po zamordowaniu przez funkcjonariuszy SB ks. Jerzego Popiełuszki. W rozmowie z - jak się dopiero później okazało - współorganizatorem tej zbrodni, Adamem Pietruszką, ksiądz Czajkowski określił ten czyn jako "zbrodnie Kainową". Pięć dni później 2 listopada pułkownik Pietruszka został zatrzymany w związku z udziałem w zamordowaniu ks. Popiełuszki" - czytamy
Sam ks. Czajkowski w specjalnie przygotowanym oświadczeniu przyznał, że jego "wina jest bezsporna", zastrzegł jednak, że w "aktach SB nie brak informacji całkowicie fałszywych".