Jerzy Pruski w latach 1991-1997 pracował w LG Petro Banku. W latach 1998-2004 był członkiem Rady Polityki Pieniężnej, a od 2004 r. do 2008 r. zastępcą prezesa NBP. Reprezentował NBP w Komisji Nadzoru Bankowego i Komisji Nadzoru Finansowego oraz w Economic and Financial Committee.
W latach 2008-2009 pełnił funkcję prezesa PKO Banku Polskiego, a od 2009 r. do 2016 r. - prezesa Bankowego Funduszu Gwarancyjnego.
W latach 2010-2015 był doradcą ekonomicznym prezydenta Bronisława Komorowskiego. W latach 2013-2016 był członkiem Komitetu Stabilności Finansowej, a w latach 2015-2016 członkiem Resolution Committee (European Banking Authority).
Pruski jest również ekspertem zewnętrznym Banku Światowego i Międzynarodowego Funduszu Walutowego.