Za uchwaleniem ustawy głosowało 271 posłów, 149 było przeciw, a trzech posłów wstrzymało się od głosu. Wcześniej poparcia nie uzyskał wniosek PiS o odrzucenie ustawy w całości.
Nowela dostosuje polskie prawo do regulacji UE, po tym, gdy postępowanie prowadzone przez Komisję Europejska wykazało, że Polska nie wdrożyła do prawa krajowego przepisów dyrektywy unijnej z 2012 r. w sprawie utworzenia jednolitego europejskiego obszaru kolejowego, regulujących warunki prowadzenia rachunkowości przez przewoźników kolejowych i zarządców infrastruktury.
Dodatkowo KE uznała za sprzeczne z dyrektywą unijną przepisy ustawy o transporcie kolejowym, które przewidują odstępstwo od wymogów prowadzenia odrębnej rachunkowości przy wykonywaniu działalności przewoźnika kolejowego i zarządcy infrastruktury przez jednego przedsiębiorcę.
Wprowadzone na mocy nowelizacji przepisy wprowadzają szczególne zasady prowadzenia rachunkowości przez przewoźników kolejowych, zarządców infrastruktury i operatorów publicznego transportu zbiorowego na kolei poprzez prowadzenie i publikowanie odrębnych bilansów oraz zestawień zysków i strat dla zarządzania infrastrukturą, wykonywania przewozów pasażerskich i towarowych oraz przewozów realizowanych w ramach świadczenia usług w publicznym transporcie zbiorowym.
Nowela wprowadza zakaz przekazywania środków publicznych pomiędzy przedsiębiorcami kolejowymi powiązanymi kapitałowo (tzw. zakaz subsydiowania skrośnego - PAP). Dotyczy on m.in. przedsiębiorcy, który łączy funkcję zarządcy i przewoźnika kolejowego, wykonując działalność na wyodrębnionej linii kolejowej o zasięgu miejskim, podmiejskim lub regionalnym a przedsiębiorcą lub podmiotem wykonującym lub integrującym usługi transportu kolejowego inne niż przewozy miejskie, podmiejskie lub regionalne; pomiędzy przewoźnikiem kolejowym a zarządcą infrastruktury. Zakaz dotyczy także przewoźników kolejowych w ramach ich działalności w zakresie środków publicznych przekazanych na przewozy pasażerskie i towarowe.
Rozwiązanie takie - uzasadniali autorzy projektu - ma na celu "wyeliminowanie możliwości dokonywania subsydiowania skrośnego poprzez dotowanie, w ramach spółek kolejowych powiązanych kapitałowo, określonej działalności w transporcie kolejowym ze środków publicznych przeznaczonych na inny rodzaj działalności w tym sektorze".
Z nowych obowiązków dotyczących rachunkowości zwolnieni zostaną przedsiębiorcy, którzy łączą funkcje przewoźnika kolejowego i zarządcy infrastruktury, wykonując działalność o zasięgu miejskim, podmiejskim i regionalnym.
Nowe przepisy wprowadzają rozdział instytucjonalny podmiotów zarządzających infrastrukturą od tych, które zajmują się przewozami kolejowymi - ma to na celu zapewnienie niezależności wykonywania podstawowych funkcji zarządcy infrastruktury kolejowej. Oznacza to w praktyce, że z zastrzeżeniem wyjątków przewidzianych w nowelizacji ustawy o transporcie kolejowym, działalność polegająca na zarządzaniu infrastrukturą i wykonywaniu przewozów kolejowych nie może być realizowana przez tego samego przedsiębiorcę.
Nowelizacja ma wejść w życie po 3 miesiącach od ogłoszenia, z wyjątkiem jednego przepisu, który wejdzie w życie po 14 dni od ogłoszenia.