W pierwszym kwartale 2016 r. Chipotle odnotowało stratę w wysokości 26,4 mln dol. Rok wcześniej spółka mogła pochwalić się zyskiem netto na poziomie 122,6 mln dol.
W oficjalnym komunikacie podano, że za słabe wyniki odpowiedzialna była słaba sprzedaż w porównywalnych restauracjach (o ok. 30 proc. niższa niż w pierwszym kwartale 2015 r.) i kosztowne oferty promocyjne, które sieć zdecydowała się wprowadzić po serii skandali związanych z zatruciami w jej lokalach.
W lipcu 2015 r. w restauracji Chipotle w Seattle miało miejsce kilka przypadków zakażenia bakterią E.coli. W sierpniu tego samego roku w lokalu w Simi Valley w Kalifornii kilkudziesięciu klientów i pracowników placówki doznało zakażenia norowirusem. Jednocześnie w 22 restauracjach Chipotle Minnesocie służby sanitarne wykryły ognisko salmonelli. W październiku, listopadzie i grudniu donoszono o kolejnych przypadkach zakażeń E.coli i norowirusem w lokalach sieci, m.in. w stanach Waszyngton, Oregon, Kansas i Oklahoma, a także na kampusie prywatnej uczelni Boston College w Massachusetts.
W lutym tego roku zarząd Chipotle podjął decyzję o zamknięciu na 4 godziny wszystkich restauracji należących do spółki. W tym czasie debatowano nad zmianą procedur dotyczących przechowywania i przetwarzania żywności w lokalach.
By ponownie przyciągnąć do siebie klientów, Chipotle zainaugurowało kilka kosztownych akcji promocyjnych, m.in. oferując konsumentom jeden darmowy posiłek, a później także darmowe dodatki do dań głównych, w tym frytki i guacamole.
